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普渡大學理學院開設的計算機科學系開設的研究生學位項目有：
計算機科學博士
計算機科學碩士-信息安全方向：屬專業(yè)碩士項目，主要是為本科非計算機科學背景的申請者提供的。該項目開設的研究方向有：信息安全基礎、密碼學、網絡安全、軟件安全、社會學、經濟學與法律問題、安全性分析和數據安全與隱私。該項目申請截止日期為3月31日
計算機科學碩士：分帶畢業(yè)論文和不帶畢業(yè)論文兩種
計算機科學碩士：屬遠程在線授課項目。全年分秋季學期和春季學期申請，秋季學期申請截止日期為7月1日，春季學期申請截止日期為11月1日。要求申請者本科畢業(yè)，擁有計算機科學或工程學專業(yè)背景。該項目以授課為主，無需撰寫畢業(yè)論文
跨學科項目：
計算機科學與工程項目
統(tǒng)計學與計算機科學聯合碩士項目
計算生命科學項目
此外，該系還向本土及國際學生提供實習項目。普渡大學計算機科學系2015學年秋季申請人數約1,192，錄取人數約76；2014學年秋季申請人數約1,112，錄取人數約82。該系要求申請者本科畢業(yè)，擁有計算機科學專業(yè)背景，博士項目申請還需具備相關研究或實驗室經，歷熟練數據結構、計算機架構、操作系統(tǒng)、算法分析、編程語言等基礎，學習過微分方程、線性代數、數值理論、Java、C++等課程。2月份全月均可申請，結果一般在3月份公布。申請時，需遞交個人簡歷、導師推薦信及個人研究方向和感興趣的項目。所有學生一旦被錄取均有機會獲得系里提供的TA/RA或Fellowship獎學金。
| 排名 | 學校 | 專業(yè)（major） |
|---|---|---|
| 1 | 卡內基梅隆大學 | 計算機科學 |
| 1 | 麻省理工學院 | 計算機科學 |
| 1 | 斯坦福大學 | 計算機科學 |
| 1 | 加州大學伯克利分校 | 計算機科學 |
| 5 | 伊利諾伊大學香檳分校 | 計算機科學 |
| 6 | 康奈爾大學 | 計算機科學 |
| 6 | 華盛頓大學 | 計算機科學 |
| 8 | 佐治亞理工學院 | 計算機科學 |
| 8 | 普林斯頓大學 | 計算機科學 |
| 10 | 德克薩斯大學奧斯汀分校 | 計算機科學 |
| 11 | 加州理工學院 | 計算機科學 |
| 11 | 密歇根大學安娜堡分校 | 計算機科學 |
| 13 | 哥倫比亞大學 | 計算機科學 |
| 13 | 加州大學洛杉磯分校 | 計算機科學 |
| 13 | 威斯康星大學麥迪遜分校 | 計算機科學 |
| 16 | 哈佛大學 | 計算機科學 |
| 16 | 加州大學圣地亞哥分校 | 計算機科學 |
| 16 | 馬里蘭大學帕克分校 | 計算機科學 |
| 19 | 賓夕法尼亞大學 | 計算機科學 |
| 20 | 普渡大學西拉法葉分校 | 計算機科學 |
| 20 | 萊斯大學 | 計算機科學 |
| 20 | 麻省大學阿莫赫斯特分校 | 計算機科學 |
| 20 | 南加州大學 | 計算機科學 |
| 20 | 耶魯大學 | 計算機科學 |
| 25 | 布朗大學 | 計算機科學 |
| 25 | 杜克大學 | 計算機科學 |
| 25 | 約翰霍普金斯大學 | 計算機科學 |
| 25 | 北卡羅來納大學教堂山分校 | 計算機科學 |
| 29 | 明尼蘇達大學雙城分校 | 計算機科學 |
| 30 | 紐約大學 | 計算機科學 |
| 30 | 西北大學 | 計算機科學 |
| 30 | 俄亥俄州立大學 | 計算機科學 |
| 30 | 賓夕法尼亞州立大學 | 計算機科學 |
| 30 | 加州大學歐文分校 | 計算機科學 |
| 30 | 芝加哥大學 | 計算機科學 |
| 30 | 弗吉尼亞理工學院 | 計算機科學 |
| 37 | 弗吉尼亞大學 | 計算機科學 |
| 37 | 達特茅斯學院 | 計算機科學 |
| 37 | 羅格斯大學 | 計算機科學 |
| 40 | 加州大學戴維斯分校 | 計算機科學 |
| 40 | 加州大學圣塔芭芭拉分校 | 計算機科學 |
| 40 | 紐約州立大學石溪分校 | 計算機科學 |
| 43 | 科羅拉多大學波德分校 | 計算機科學 |
| 43 | 亞利桑那州立大學 | 計算機科學 |
| 43 | 北卡羅來納州立大學 | 計算機科學 |
| 43 | 德州農工大學 | 計算機科學 |
| 43 | 亞利桑那大學 | 計算機科學 |
| 43 | 猶他大學 | 計算機科學 |
| 49 | 波士頓大學 | 計算機科學 |
| 49 | 東北大學 | 計算機科學 |
| 49 | 佛羅里達大學 | 計算機科學 |
| 49 | 匹茲堡大學 | 計算機科學 |
| 49 | 羅切斯特大學 | 計算機科學 |
| 49 | 圣路易斯華盛頓大學 | 計算機科學 |
| 55 | 印第安納大學伯明頓分校 | 計算機科學 |
| 55 | 密歇根州立大學 | 計算機科學 |
| 55 | 倫斯勒理工學院 | 計算機科學 |
| 58 | 加州大學圣克魯茲分校 | 計算機科學 |
| 58 | 圣母大學 | 計算機科學 |
| 58 | 范德堡大學 | 計算機科學 |
| 61 | 愛荷華州立大學 | 計算機科學 |
| 61 | 紐約州立大學布法羅分校 | 計算機科學 |
| 61 | 加州大學河濱分校 | 計算機科學 |
| 64 | 伊利諾伊大學芝加哥分校 | 計算機科學 |
| 64 | 愛荷華大學 | 計算機科學 |
| 64 | 俄勒岡大學 | 計算機科學 |
| 64 | 德克薩斯大學達拉斯分校 | 計算機科學 |
| 68 | 凱斯西儲大學 | 計算機科學 |
| 68 | 喬治梅森大學 | 計算機科學 |
| 68 | 俄勒岡州立大學 | 計算機科學 |
| 68 | 羅切斯特理工學院 | 計算機科學 |
| 68 | 雪城大學 | 計算機科學 |
| 68 | 特拉華大學 | 計算機科學 |
| 68 | 威廉瑪麗學院 | 計算機科學 |
| 75 | 科羅拉多州立大學 | 計算機科學 |
| 75 | 喬治華盛頓大學 | 計算機科學 |
| 75 | 塔夫茨大學 | 計算機科學 |
| 75 | 內布拉斯加大學林肯分校 | 計算機科學 |
| 75 | 新墨西哥大學 | 計算機科學 |
| 75 | 田納西大學諾克斯維爾分校 | 計算機科學 |
| 75 | 華盛頓州立大學 | 計算機科學 |
| 82 | 克萊姆森大學 | 計算機科學 |
| 82 | 紐約城市大學研究生院和大學中心 | 計算機科學 |
| 82 | 德雷賽爾大學 | 計算機科學 |
| 82 | 埃默里大學 | 計算機科學 |
| 82 | 佛羅里達州立大學 | 計算機科學 |
| 82 | 中佛羅里達大學 | 計算機科學 |
| 82 | 康涅狄格大學 | 計算機科學 |
| 82 | 馬里蘭巴爾的摩大學 | 計算機科學 |
| 82 | 伍斯特理工學院 | 計算機科學 |
| 91 | 奧本大學 | 計算機科學 |
| 91 | 布蘭迪斯大學 | 計算機科學 |
| 91 | 楊百翰大學 | 計算機科學 |
| 91 | 科羅拉多礦業(yè)大學 | 計算機科學 |
| 91 | 伊利諾伊理工學院 | 計算機科學 |
| 91 | 新澤西理工學院 | 計算機科學 |
| 91 | 斯蒂文斯理工學院 | 計算機科學 |
| 91 | 堪薩斯大學 | 計算機科學 |
| 91 | 肯塔基大學 | 計算機科學 |
| 91 | 北卡羅來納大學夏洛特分校 | 計算機科學 |
| 91 | 德州大學阿靈頓分校 | 計算機科學 |
